申姓的起源主要有两大支：姜姓和芈姓。
第一支源出姜姓，炎帝之后。夏朝初，炎帝后裔四岳的一支因助大禹治水有功封于申，故地在今陕北米脂至宁夏中卫一带，亦称西申。申人在商朝后期归顺周国，商末时申人随周人东迁，渡过黄河，进入山西南部的霍太山地区，在今山西霍县南建立申国，亦称北申。西周初，被封为伯爵，不久为姬姓霍国所吞并。一部分申人随申伯南迁河南，而遗留于霍太山的申人则融入姜戎的游牧部落，亦称申戎。周宣王时，申伯因是周宣王的母舅，重建申国于河南南阳，亦称南申，而申人一支又徙河南信阳的申，亦称东申。在西周末东周初，申国是一个强国，随后遭到周边姬姓国的联合排挤和南面楚国的压迫，国势很快衰落。春秋前期，大约公元前688年，楚文王北上扩展势力之时，假道邓国灭了南申。又过了两年，楚文王东袭息国时，顺便灭了东申，建立申邑。申人的后裔遂以国名为氏。姜姓申氏的历史至少有4000年，普遍使用申氏也有近2700年。
第二支源出芈姓。春秋前期，大约公元前688年至前686年，楚文王北上扩展势力，先后灭南申和东申，并在东申建立申邑，封与大臣申公。申公之后裔遂以邑名为氏，是为芈姓申氏。芈姓申氏的历史至少有2600年。